任何一个绩效考核系统都不可能做到完全的不出问题，即使是再成熟的考核系统也不可能规避所有的风险，因为考核的数据受到多种难以预测的因素影响。在绩效考核系统的设计和运行过程中,由于各种外在条件的影响， 有可能出现以下这样一些问题, 从而损害绩效考核的准确性和客观性。

　　第一、以员工的直接上司对其下属的评价为准。在大多数公司组织中，管理阶层和其它部门的工作人员接触相对比较少，日常的印象和了解都是经过开会或者其它一些途径获得，缺乏深入的了解。这样子的绩效考核系统注定了其片面性，基于这样的条件下，管理者对其员工的考核大部分是根据员工的理论学识而不是任务的实际完成情况。

　　第二、绩效评价主体的不统一。不同的部门之间的领导不同，其要求也不一样，有的部门要求会比较严格，一些则会比较宽松。标准的不统一导致了不公平现象的出现，不利于员工的工作积极性和公司的生产效率。

　　第三, 考评主体的价值观和喜好影响工作评价标准的执行。主管人员为了保持部门内部的和谐发展而作出的某种退步和妥协，这样的结果就是使工作出色的员工的成绩在评价中受到和业绩不相对等的对待而工作平庸的员工却受到偏袒。

　　第四, 在工作绩效评价过程中, 有个别管理者把自己处于放在一个独裁者的位置上,降低了员工对绩效考核系统的接受和认同的程度, 不利于主管人员与下属关系的发展。