当然，任何事物都有它的两面性，好与坏事相互制衡相互依存的，绩效考核软件在拥有着这些无可替代的优势的同时也存在着很多缺点，比如下面这些：
 
一、员工没有真正重视绩效考核软件的作用。
 
　　在员工的眼里看来，所谓的绩效考核就只是和他们的工资和奖金有关系，所以他们在自我评价的打分方面会自动忽略自己的缺点而给自己打高分，员工的自我评估给考核结果带来了很多不确定性，这些无可避免地会对企业的发展计划制定造成一些困扰和错误的导向。再者，绩效考核的目的是找出问题然后解决问题，如果员工的各种考核数据不真实，那么考核的结果也就真实，那么这样子的结果没有丝毫的意义，因为它给员工反馈的是错误的结果，给出的建议也没有针对性，不利于员工自身能力的提高，也不利于企业未来的发展。
 
二、英雄难过人情关，绩效考核遇到拦路虎。
 
　　绩效考核软件只是一个软件，它只会根据系统的数据按照原先设定的程序进行机械的分析。但人不一样，任由情感有思想也有自己的喜好，所以，在对周围的同事进行考核的时候他们也会根据他们平时的关系来进行打分，或者是碍于平时要与同事之间相处，本着不得罪人的原则，一般都会给对方打高分，这一点非常的难弄明白，也是使用绩效考核软件最无奈的地方。极其不可能从中分辨出哪些是真的哪些是假的，人情就是绩效考核软件最大的“拦路虎”。
 
　　绩效考核软件作为绩效考核的一种辅助工具，它不可能是完美的，肯定也会存在各种弊端，企业在进行绩效考核的时候，不能仅仅依靠绩效考核软件进行绩效考核，同时也要通过其他有效的途径来考核员工，把多种考核方式综合起来，才能最大限度地对员工进行客观的绩效考核。