在实行绩效考核的过程中，小企业由于公司人员少，部门划分简单，使得它遇到了不少“难点”，以下是这些“难点”的具体内容：
1.易忽略员工的个人发展。
　　小企业为了在残酷的资本市场下生存去，很多都把业务作为自己的战略核心，在考核员工时，难免会把重心放在员工的业务量和销售额上，而对于员工的职业道德修养、员工对企业文化的认同感，以及员工的自我发展潜能就很容易忽视掉。
2.考核结果公正性有待质疑。
　　小企业由于员工比较少，多采用扁平化的管理结构模式，员工之间都是直接面对面地交流多，并且员工里面又可能有不少都是有关系的，这样一来就易于受人情的影响，使得绩效考核结果公正性有待质疑。
3.易出现独裁现象。
　　企业的领导者掌握了公司的全部权力，由于缺乏制度的观念，在对员工进行考核时很容易附带自己的个人意见，显得对下属的业绩评价具有主观性和随意性。如此一来便会有种独裁的感觉。
4.绩效改进难。
　　绩效考核不应该仅仅是检验员工的工作成果，它更应该要帮助员工找到工作中的不足，以帮助他们及时调整来提高绩效。但是，小企业由于精力有限，大部分的时间都是放在业务的处理上，根本没有时间去绩效结果进行详细分析，导致员工绩效改进难以进行。
5.绩效考核方法的选择有限。
　　小企业的制度和流程不完善，加之企业在竞争激烈的市场环境中又要随时应变甚至进行大的战略调整，不断总在变化中谋求生存，所以类似目标管理等先进的绩效考核方法就无法正常推行。
总而言之，小企业想要实行绩效考核必然要面对重重“难点”，勇于面对这些“难点”，总能找出符合自己的绩效考核方案的。